Однажды офисный работник Син умирает и перерождается в мире, где правит магия. Его приютил мудрец Мерлин и вырастил выдающимся волшебником. Однако Мерлин был отшельником, поэтому Син ничего не знает о внешнем мире. Чтобы заполнить этот досадный пробел, его отправляют в королевскую Академию магии.
Джин, Хана и Миюки живут на улицах Токио и знают город с той стороны, которую многие предпочитают не замечать. Джин давно скитается и борется с зависимостью, Хана сохраняет демонстративную яркость и мечту о семейном тепле, а Миюки сбежала из дома и пытается держаться жёстко, чтобы не показывать уязвимость.
Аниме «Манускрипт ниндзя» разворачивается в провинции Ямасиро, где внезапная эпидемия чумы заставляет жителей бежать и вызывает тревогу у соседних кланов. Для разведки в зараженные земли отправляют остатки клана ниндзя Кога, но миссия оборачивается катастрофой: на них нападают существа с нечеловеческой силой.
После смерти родителей Маугли воспитывается волчьей стаей из леса Сиони во главе с Акелой и другими дикими животными, такими как Багира и Балу. Молодой мальчик проходит через несколько трогательных, горько-сладких и опасных для жизни приключений, когда он ищет свою истинную цель в жизни. И одна из многих опасностей, с которыми ему приходится сталкиваться,-это тигр-людоед Шер Хан...