Скоростной поезд на пути в Токио грозит взорваться, если его скорость опустится ниже 100 км/ч. Правительство и сотрудники железнодорожной компании вступают в гонку со временем, пытаясь спасти пассажиров.
На этот раз Кэнсин вступает в противостояние с самим Макото Сисио - злодеем, вознамерившимся свергнуть правительство Мэйдзи и подчинить себе всю Японию. Судьба страны висит на волоске, и скиталец-самурай Химура вновь берет в руки меч, к которому он поклялся никогда не прикасаться.
В Киото появляется жестокий и расчетливый убийца Макато Сисио, который пытается свергнуть действующую власть и прибрать её в свои руки. Кроме Кэнсина некому защитить правительство Японии, которое сейчас так сильно нуждается в помощи. Химура — единственный, кто может противостоять Макато. Тем более, что ему всегда готовы помочь верные друзья.
Ами - дерзкая, но во всём остальном обычная школьница, которая пытается вести нормальную жизнь. Но её мир рушится, когда она узнает, что брат с другом были убиты беспощадными хулиганами. Ами находит их главаря и с удивлением узнаёт, что они связаны со зловещей семьёй ниндзя якудзы. Ами теряет руку и, заменяя её различными инструментами смерти, планирует месть.
1614 год. Япония объединилась под властью первого сёгуна Токугавы. Генносукэ из клана Кога и Оборо из клана Ига остаются последней надеждой двух деревень, разрываемых трагедией беспрерывной мести. Их благословенная любовь должна принести мир страдающим ниндзя, населяющим деревни, но заговор Токугавы снова сеет между ними вражду.