«Мэрдок Скрэмбл» открывает мрачную киберпанковую историю Рун Балот, молодой девушки, чья человеческая жизнь обрывается после встречи с опасным картежником Шелом. Она была зависима от него, уязвима и практически лишена выбора, а затем стала жертвой его жестокости. Но смерть не становится концом: благодаря экспериментальной технологии Рун возвращают к жизни в новом теле, и она становится киборгом.
Такуми Фудзивара кажется обычным восемнадцатилетним парнем: он помогает отцу в лавке, работает на автозаправке и не стремится к славе среди уличных гонщиков. Но каждое утро еще до рассвета он ведет старую Toyota Trueno по узким дорогам горы Акина, доставляя тофу так аккуратно, что вода в стакане почти не колышется.