«Исчезновение Йозефа Менгеле» обращается к послевоенной главе биографии человека, чье имя связано с медицинскими преступлениями в Освенциме. После краха нацистской Германии Менгеле скрывается и уходит в Южную Америку, пытаясь раствориться в новых странах, документах и чужой помощи. Фильм смотрит не на войну как на завершенное прошлое, а на ее продолжение в бегстве тех, кто пытался избежать...
1400 год. Суровый капитан Клаус Штертбекер и его помощник Михелс возглавляют самую отчаянную пиратскую команду во всей Восточной Фризии. Но во время последнего захвата торгового судна Клаус получает тяжелую рану и решает навсегда оставить разбойничий промысел. Когда ничто уже, казалось бы, не может повлиять на капитана, Михелс случайно обнаруживает на борту их ветхого корабля оружие...