Аниме «009: Возвращение киборга» переносит историю в 2013 год, когда сразу несколько крупнейших городов мира переживают разрушительные атаки. Лондон, Москва, Берлин и Нью-Йорк оказываются охвачены паникой после взрывов и падения небоскребов, а привычные механизмы безопасности не дают быстрого ответа, кто стоит за происходящим.
Когда происходит жестокое убийство губернатора Токио, а сестра его жены оказывается похищенной, мысли людей поневоле обращаются к единственной силе, способной на такое дерзкое преступление - якудза, легендарной японской мафии. Живущие по суровым законам самураев, эти бандиты не боятся никого и ничего, а всякого перешедшего им дорогу ожидает скорая и мучительная смерть.