Молчание ягнят строит расследование как психологическое противостояние, где главный риск возникает не только на месте преступления. Молодая сотрудница ФБР Кларисса Старлинг получает задание поговорить с Ганнибалом Лектером, заключённым психиатром и убийцей. Он может помочь понять логику преступника, похищающего женщин на Среднем Западе, но его помощь никогда не бывает бесплатной.
Молодой нейрохирург Рекс Мартин соглашается на уговоры своего приятеля Джима Рестона и проводит экспериментальную операцию на мозге ученого-математика Холси, пациента закрытой психиатрической лечебницы. Операция эта должна либо подтвердить, либо опровергнуть теоретические разработки в области паранойи, которыми занимался доктор Мартин.