Черепашки-ниндзя спасают город и учатся в школе. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло учатся совмещать ночные битвы со злодеями и дневную жизнь обычных школьников. В шумном Нью-Йорке их ждут опасные враги, неожиданные союзники и испытания, которые не всегда решаются кулаками и оружием.
«Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» показывает Леонардо, Рафаэля, Донателло и Микеланджело не только как бойцов, но и как подростков, которым надоело всю жизнь прятаться под Нью-Йорком. Братья выросли в канализациях, тренировались в ниндзюцу и привыкли держаться вдали от людей, но мечтают о нормальной жизни: школе, друзьях, признании и возможности не быть для города страшной легендой.