«Последний самурай» переносит действие в Японию 1870-х, когда страна стремительно меняется и пытается построить современную армию по западному образцу. Капитан Нейтан Олгрен, бывший офицер армии США, нанят для обучения новых солдат. Он приезжает как специалист по современному бою, человек с опытом и собственными тяжелыми воспоминаниями о войне.
Исполняя последнюю волю бывшей любовницы, французский полицейский Юбер Фиорентини отправляется в Японию, где ему приходится встретиться со старым другом и дочерью, о существовании которой он даже не подозревал. А также получить наследство в 200 млн. долларов и познакомиться с якудза, которые охотятся за этими деньгами.