Аниме «009: Возвращение киборга» переносит историю в 2013 год, когда сразу несколько крупнейших городов мира переживают разрушительные атаки. Лондон, Москва, Берлин и Нью-Йорк оказываются охвачены паникой после взрывов и падения небоскребов, а привычные механизмы безопасности не дают быстрого ответа, кто стоит за происходящим.
Кэндзи Койсо привык чувствовать себя увереннее среди чисел, задач и виртуальной системы «Оз», чем в шумной компании людей. По просьбе одноклассницы Нацуки он едет с ней на день рождения её бабушки, рассчитывая провести время в роли обычного помощника. Но уже на месте девушка неожиданно представляет его семье как своего парня.
Японка Саки Морими, выпускница колледжа, во время поездки по США решила посмотреть Белый Дом и чуть не попала в неприятности, бросая монетки в тамошний фонтан. Выручил ее молодой соотечественник, соткавшийся перед Саки и полицейскими буквально из воздуха, будучи в костюме Адама, с пистолетом в одной руке и мобильником в другой.
После событий предыдущей истории проходит шесть месяцев, но исчезновение Акиры Такидзавы остаётся для Саки не закрытой раной, а вопросом, на который она не может не искать ответ. Он оставил ей только прощальное сообщение и намёк на место, где всё началось. Этого оказывается достаточно, чтобы Саки собрать вещи и отправиться в Нью-Йорк, надеясь понять, что произошло с Акирой и какую роль ей...
Внебрачный сын императора и утончённый сановник Гэндзи находится в постоянном поиске настоящей любви. Девушек, покорённых красавцем Гэндзи, не перечесть, но истинная любовь вскоре преподнесёт дамскому угоднику сюрприз.