Иокогоама, 1879 год. Бывший убийца Кэнсин пытается вести тихую мирную жизнь с любимой девушкой Каору, но его настигает прошлое в лице младшего брата покойной жены. Теперь Энъиси возглавляет китайскую преступную группировку и, так и не смирившись с гибелью сестры, бросает все силы на месть Кэнсину — взрывает его любимый ресторан и организовывает нападения на местные додзё.
На этот раз Кэнсин вступает в противостояние с самим Макото Сисио - злодеем, вознамерившимся свергнуть правительство Мэйдзи и подчинить себе всю Японию. Судьба страны висит на волоске, и скиталец-самурай Химура вновь берет в руки меч, к которому он поклялся никогда не прикасаться.
В Киото появляется жестокий и расчетливый убийца Макато Сисио, который пытается свергнуть действующую власть и прибрать её в свои руки. Кроме Кэнсина некому защитить правительство Японии, которое сейчас так сильно нуждается в помощи. Химура — единственный, кто может противостоять Макато. Тем более, что ему всегда готовы помочь верные друзья.