Фильм рассказывает о днях, последовавших за капитуляцией Японии во Второй мировой войне, когда правителем Страны Восходящего солнца де-факто являлся генерал Даглас МакАртур. Одному из экспертов-японистов, генералу Боннеру Феллерсу, поручено найти ответ на непростой вопрос: следует ли признать японского императора Хирохито военным преступником и повесить?
«Последний самурай» переносит действие в Японию 1870-х, когда страна стремительно меняется и пытается построить современную армию по западному образцу. Капитан Нейтан Олгрен, бывший офицер армии США, нанят для обучения новых солдат. Он приезжает как специалист по современному бою, человек с опытом и собственными тяжелыми воспоминаниями о войне.