«Глубокие воды» строят триллер выживания на катастрофе международного рейса из Лос-Анджелеса в Шанхай. После аварийной посадки в океане пассажиры оказываются не просто посреди воды, а в смертельно опасной зоне, где поврежденный самолет быстро превращается в ловушку. Обломки, кровь, паника и шум привлекают акул, а значит, каждая попытка выбраться наружу становится новым риском.
Талантливый хирург Элизабет даёт провести очередную операцию молодому коллеге. Внезапно происходит фатальная врачебная ошибка. Элизабет берет на себя полную ответственность и оказывается на линии огня. Врачи начинают объединяться против Элизабет, и даже напарница, медсестра Робин, начинает избегать ее.
Попав в сложную жизненную ситуацию, Бет приезжает в Лос-Анджелес к старшей сестре Элли. На месте выясняется, что от той ушёл муж, оставив с тремя детьми, и их жилой комплекс скоро снесут, а новый дом ещё не найден. Решив поговорить с сестрой наедине, Элли отправляет детей за пиццей. На обратном пути они переживают землетрясение, на парковке образуется провал, и старший Дэнни находит там...