«Ультиматум Борна» продолжает путь героя, который хочет не победить систему, а наконец понять, кем был до того, как его превратили в оружие. Джейсон Борн пытается исчезнуть, но ЦРУ не может оставить живым человека, знающего слишком много о тайных операциях. После побега из России он выходит на британского журналиста, получившего сведения о секретном проекте, связанном с его прошлым.
Из элитной школы похищают девочку Меган, дочь сенатора Роуза. Преступник оказывается оригиналом, каких мало: вместо того чтобы спокойно дождаться своего заслуженного выкупа, он начинает играть с полицией в опасную игру, основными участниками которой становятся доктор Алекс Кросс и Джез Флэниган, его новая напарница из секретной службы, охранявшей школу.