Хоримия: Фрагменты возвращается к школьным годам Хори, Миямуры и их друзей не как к прямому продолжению, а как к набору важных, смешных и тихих эпизодов, которые могли остаться между крупными событиями. Церемония выпуска в школе Катагири подводит черту, и именно в этот момент особенно заметно, как много значили обычные дни.
После войны с Цукасой Сэнку Исигами смотрит дальше ближайших побед. Чтобы приблизиться к разгадке окаменения человечества и источнику зеленого света, одной лаборатории уже недостаточно. Нужен корабль, способный вывести Королевство науки за пределы знакомой территории. Построить судно сложно, но еще труднее найти того, кто сумеет вести его по морю.
Кёко Хори в школе выглядит популярной, уверенной и лёгкой в общении девушкой, вокруг которой всегда есть внимание. Но дома её жизнь совсем не такая беззаботная: она следит за порядком, помогает по хозяйству и присматривает за младшим братом. Из-за этого Хори привыкла разделять школьный образ и настоящую повседневность, где на ней лежит больше ответственности, чем одноклассники могут представить.
Людям не повезло жить в мире под названием Дыра, куда наведываются маги из параллельного измерения практиковать на бедных человеках свои навыки. Однажды девушка по имени Никайдо находит жертву этих ужасных экспериментов — человека с головой крокодила и амнезией впридачу. Никайдо нарекает нового друга Кайман, и теперь они ловят магов, а Кайман откусывает им головы, пытаясь таким образом вернуть...