Агора переносит действие в Александрию на переломе эпох, когда старый порядок Римской империи уже теряет устойчивость, а христианство становится всё более влиятельной общественной и политической силой. В этом напряжённом городе живёт Гипатия — философ, математик и астроном, чьи занятия наукой и преподаванием дают ей редкое влияние на умы правителей и учеников.
Роберт Баер – ветеран ЦРУ, проработавший в агентстве 21 год. Всё это время он боролся с терроризмом во всем мире. Однако после окончания «холодной войны», когда угроза терроризма возросла, ЦРУ урезало финансирование проектов на Ближнем Востоке и в итоге потеряло контроль над стратегически важным регионом.