Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза продолжает безумную ветку DC, где Темный рыцарь существует на стыке супергеройского комикса, самурайского боевика и аниме-эксцентрики. После событий Batman Ninja возвращение домой оказывается обманчивым: мир изменился, привычной Лиги справедливости нет, а над Готэмом зависает альтернативная Япония.
После событий предыдущей истории проходит шесть месяцев, но исчезновение Акиры Такидзавы остаётся для Саки не закрытой раной, а вопросом, на который она не может не искать ответ. Он оставил ей только прощальное сообщение и намёк на место, где всё началось. Этого оказывается достаточно, чтобы Саки собрать вещи и отправиться в Нью-Йорк, надеясь понять, что произошло с Акирой и какую роль ей...
Сотни лет люди живут в глубоких пещерах, в постоянном страхе перед землетрясениями и обвалами. В одной из таких подземных деревень живет мальчик Симон и его духовный наставник — парень Камина. Камина верит, что наверху есть другой мир, без стен и потолков, его мечта — попасть туда. Но мечты остаются пустыми фантазиями, пока в один прекрасный день Симон случайно не находит сверло, оказавшееся...
14-летний Юсукэ Урамэси — худший ученик в школе. У него ужасные оценки, он постоянно прогуливает и не уважает учителей. Из-за этого парень постоянно попадает в неприятности, но при этом он очень хорошо дерётся. Но только получив назначение после спасения сбитого грузовиком ребёнка на должность детектива по поимке духов, Юсукэ действительно начинает находить своё место в жизни.