Кумико живёт в захламлённой тесной квартире в Токио с домашним питомцем — кроликом Бундзо. Она работает в офисе, где готовит чай и носит в химчистку одежду босса. В свободное время Кумико упоённо смотрит известный американский фильм на затёртой видеокассете. Перематывая назад и вперёд, она пытается определить место, где закопали чемодан с деньгами.
Аниме «009: Возвращение киборга» переносит историю в 2013 год, когда сразу несколько крупнейших городов мира переживают разрушительные атаки. Лондон, Москва, Берлин и Нью-Йорк оказываются охвачены паникой после взрывов и падения небоскребов, а привычные механизмы безопасности не дают быстрого ответа, кто стоит за происходящим.
Доктор Кэндзо Тэнма — талантливый хирург, который работает в Германии. Однажды он спасает тяжело раненого мальчика. Этот случай послужит началом череды загадочных убийств, а спустя годы Кэндзо вновь столкнётся с тем, кого он когда-то спас от смерти.