Фильм «Код 46» переносит зрителя в мрачное антиутопическое будущее, где общество жёстко контролируется корпорацией «Сфинкс». Города изолированы друг от друга, перемещение между ними требует специального разрешения, а генетические тесты определяют, кто может вступать в интимные отношения — нарушение этого правила, «Код 46», карается жестокими санкциями.
