Рой узнаёт, что его сын Алтон обладает сверхъестественными способностями, после чего им приходится скрываться от представителей религиозной секты и правительственных агентов.
Численность генетически модифицированных обезьян, возглавляемых Цезарем, продолжает увеличиваться, но обезьянам угрожают люди, которым удалось выжить во время ужасной эпидемии десятилетней давности. Поначалу между соперниками устанавливается хрупкий мир, но он оказывается недолговечным. Обезьяны и люди находятся на грани войны, в ходе которой выяснится, кто из них в будущем станет безраздельно...