Хоримия: Фрагменты возвращается к школьным годам Хори, Миямуры и их друзей не как к прямому продолжению, а как к набору важных, смешных и тихих эпизодов, которые могли остаться между крупными событиями. Церемония выпуска в школе Катагири подводит черту, и именно в этот момент особенно заметно, как много значили обычные дни.
У некоторых подростков 12-16 лет появляются разнообразные паранормальные способности. Одним из таких подростков является парень по имени Ю Отосака. Несмотря на наличие сверхспособностей, парень живет обычной школьной жизнью и свои таланты напоказ не выставляет, пока в один прекрасный день не встречает девушку по имени Нао Томори.