Сюжет объединяет потрепанных кукол для финального шоу, которое призвано спасти киностудию от разорения.
Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.
В канализациях Нью-Йорка скрывается необычная семья: четыре мутировавшие черепашки и их наставник, мудрый крыс Сплинтер. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло выросли вдали от людей, тренируясь в боевых искусствах, споря, шутя и мечтая о пицце не меньше, чем о настоящих подвигах. Их мир долго остается тайным, пока на улицах города не усиливается преступность, а подростки все чаще...