Девушка Урано Мотосу любит книги и читает всё подряд. Она почти осуществила свою мечту стать библиотекарем, прежде чем её жизнь оборвалась в результате несчастного случая. Предсмертное желание Урано — читать ещё больше книг в своей следующей жизни. Вскоре она перевоплощается в Минэ — хрупкую пятилетнюю девочку, живущую в средневековую эпоху.
Заветные желания есть у каждого, девочка по имени Кобато не исключение. Она появляется в нашем мире, чтобы осуществить своё желание. Для этого Кобато должна помогать людям, исцелять их сердца, собирая печали и горести в специальную бутылочку. Как только эта волшебная бутылочка заполнится, желание Кобато исполнится.