Раз в 500 лет проводится турнир на звание Короля шаманов. Начинающий шаман знакомится с обычным подростком, который станет ему лучшим другом и помощником, и он должен во что бы то ни стало победить в соревновании и предотвратить грядущую катастрофу.
«Мэрдок Скрэмбл» открывает мрачную киберпанковую историю Рун Балот, молодой девушки, чья человеческая жизнь обрывается после встречи с опасным картежником Шелом. Она была зависима от него, уязвима и практически лишена выбора, а затем стала жертвой его жестокости. Но смерть не становится концом: благодаря экспериментальной технологии Рун возвращают к жизни в новом теле, и она становится киборгом.
Старшеклассница Канамэ Тидори оказывается в эпицентре невероятных приключений — за девушкой ведет охоту террористическая организация, чьи руководители убеждены, что Канамэ обладает уникальными сверхъестественными способностями. На защиту школьницы встает секретная военизированная организация МИФРИЛ и её агент Сосукэ Сагара.
Существует два мира — мир живых и мир духов. Люди с каждым годом становились все более занятыми, бездушными, перестали верить в духов и утратили способность их видеть. Но испокон веков в человеческом обществе живут люди, способные видеть и слышать духов, вступать с ними в контакт и управлять ими. Эти люди — связующее звено между двумя мирами, и они называются шаманами.