«Обитель зла: Мутация» строит фантастический триллер вокруг Элли, девушки, которую десять лет назад удочерила пара богатых биотехнологических предпринимателей. Снаружи ее жизнь может казаться привилегированной: дизайнерский особняк в Малибу, обеспеченные родители и все условия для безопасности. Но накануне 16-летия Элли чувствует не радость, а одиночество.
Киллер Джон Нокс начинает испытывать странные приступы и проблемы с памятью. После прохождения медицинского обследования ему ставят диагноз «болезнь Крейтцфельдта — Якоба», которая сопровождается быстро прогрессирующей деменцией, а вылечиться от неё невозможно. Имея в распоряжении лишь несколько недель до потери дееспособности, Джон решает отойти от дел.