Несколько сот лет назад человечество совершило большую ошибку, и ошибка эта обошлась слишком дорого. И случилась великая катастрофа, и прокатился по Земле Армагеддон, и те, кто остались в живых, позавидовали мертвым. Ибо вместе с бедами на нашу планету пришли некие таинственные существа.
Доктор Кэндзо Тэнма — талантливый хирург, который работает в Германии. Однажды он спасает тяжело раненого мальчика. Этот случай послужит началом череды загадочных убийств, а спустя годы Кэндзо вновь столкнётся с тем, кого он когда-то спас от смерти.
Из секретной лаборатории сбегает девушка-мутант Люси. Вернее, неспешно выходит, оставляя за собой горы изуродованных трупов, но в последний момент получает пулю в голову и из-за этого теряет память, личность и способность разговаривать. Абсолютно голую и беспомощную её находят на морском берегу двоюродные брат с сестрой и, назвав Ню, берут к себе жить.
События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
Джин, Хана и Миюки живут на улицах Токио и знают город с той стороны, которую многие предпочитают не замечать. Джин давно скитается и борется с зависимостью, Хана сохраняет демонстративную яркость и мечту о семейном тепле, а Миюки сбежала из дома и пытается держаться жёстко, чтобы не показывать уязвимость.
Старшеклассница Канамэ Тидори оказывается в эпицентре невероятных приключений — за девушкой ведет охоту террористическая организация, чьи руководители убеждены, что Канамэ обладает уникальными сверхъестественными способностями. На защиту школьницы встает секретная военизированная организация МИФРИЛ и её агент Сосукэ Сагара.