Каллум Линч оказывается втянут в эксперимент, который открывает доступ не к обычным воспоминаниям, а к опыту предков. С помощью передовой технологии он проживает события из жизни Агилара, ассасина в Испании XV века. Для Каллума это сначала выглядит как чужая история, но прошлое быстро становится ключом к его собственной личности.
Агора переносит действие в Александрию на переломе эпох, когда старый порядок Римской империи уже теряет устойчивость, а христианство становится всё более влиятельной общественной и политической силой. В этом напряжённом городе живёт Гипатия — философ, математик и астроном, чьи занятия наукой и преподаванием дают ей редкое влияние на умы правителей и учеников.
Максимус начинает историю как человек, которому доверяют солдаты и сам Марк Аврелий. Он мечтает не о власти, а о возвращении домой, но римская политика не отпускает тех, кто слишком близко подошел к трону. Коммод видит в нем угрозу не только для своего положения, но и для собственной слабой легитимности.