В конце 90-х серия до ужаса похожих самоубийств не сходит с передовиц японских газет. У всех смертей, помимо нескольких странных сходств, есть одна деталь, которая выделяется среди остальных: все жертвы покончили с собой, спрыгнув со здания Фудзё. Сики Рёги, наделённая сверхспособностями, подозревает, что эти зловещие события имеют сверхъестественную причину.
Во всем обычный паренек Юйти приезжает жить в родной город, из которого он уехал семь лет назад. Поселившись у своей тетушки, он записывается на учебу в местную школу. Как и должно быть в любом романтическом сериале, на голову Юйти падают разные девушки со своими разными проблемами, которые наш «рыцарь» с незавидным упорством решает от эпизода к эпизоду.
«Призрак в доспехах» переносит действие в 2029 год, где кибернетика изменила само представление о человеческом теле. Люди могут заменять органы и конечности искусственными частями, подключаться к сетям и существовать в мире, где личность становится уязвимой для взлома почти так же, как компьютерная система.