«Элитный отряд: Враг внутри» сдвигает фокус с уличной войны на систему, которая умеет переживать любые зачистки. Насименту уже не просто командир BOPE, действующий в фавелах с оружием в руках. После тюремного кризиса и политического скандала он оказывается в Секретариате безопасности, где получает доступ к прослушке, аналитике и решениям более высокого уровня.
Лучшие друзья — Ацеролла «Туз» и Ларанинья «Уоллес» готовы отпраздновать 18-летие «Уоллеса». «Уоллес» безнадежно пытается найти своего отца, а Ацеролла переживает, что его жена уезжает на работу в другой город, оставляя его одного с маленьким сыном. Но все их мечты и надежды рушатся, когда начинается городская война, друзья оказываются по разные стороны баррикад.