«Секреты, которые мы храним» начинает криминальную историю с места, где опасность вроде бы не должна задерживаться надолго. Север Копенгагена, ухоженные дома, спокойные улицы, семьи с привычным достатком. На этом фоне исчезновение молодой филиппинской няни Руби выглядит не просто тревожным событием, а нарушением негласного порядка.
Копенгаген, 1918 год. Каролина работает на швейной фабрике и, поскольку уже отчаялась разыскать пропавшего на войне мужа, заводит роман с состоятельным начальником. Война заканчивается, супруг возвращается изуродованным, и уже беременная Каролина прогоняет его, полагая, что любовник на ней женится. Но мечтам о браке не суждено сбыться, вдобавок её выгоняют с работы, тогда девушка берёт большую...
14-летнего Марко задерживают на датской границе — у мальчика обнаруживают паспорт пропавшего без вести чиновника, которого когда-то обвинили в педофилии. Начальник отдела полиции Карл Мёрк берется за повторное расследование старого дела.