Конг и группа ученых отправляются в опасное путешествие в поисках родного дома гиганта. Среди них девочка Джия, единственная, кто умеет общаться с Конгом. Неожиданно они сталкиваются с разъяренным Годзиллой, разрушающим все на своем пути. Битва двух титанов, спровоцированная неведомыми силами — лишь малая часть тайны, спрятанной в недрах Земли.
Семь лет назад человечество взорвало подлетавший к Земле астероид, но после этого столкнулось с последствиями — некоторые земные обитатели мутировали в гигантских монстров. Через год население Земли сократилось на 95%. У Джоэла погибли родители, и с тех пор он в компании таких же выживших обитает в подземном бункере.