Четверо изнеженных животных из Центрального зоопарка в Нью-Йорке - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотамиха Глория - решаются на побег. Оказавшись после кораблекрушения на экзотическом острове Мадагаскар, населенном лемурами и поедающими их фоссами, путешественники с ужасом понимают, что с городскими привычками им придется распрощаться.
Шрэк и Фиона возвращаются после медового месяца и находят письмо от родителей Фионы с приглашением на ужин. Однако те не подозревают, что их дочь тоже стала огром! Вместе с Осликом счастливая пара отправляется в путешествие, полное неожиданностей, и попадает в круговорот событий, во время которых приобретает множество друзей…
Шрэк берет знакомую сказочную схему и сразу переворачивает ее. Главный герой не мечтает о славе, подвиге или королевской награде. Ему нужен только покой на болоте, где никто не лезет с советами и не требует быть приятным. Когда лорд Фаркуад выселяет туда сказочных жителей, личное пространство Шрэка превращается в шумный лагерь чужих проблем.