Сики Итиносэ привык считать себя просто трудным подростком: вспыльчивым, упрямым, не слишком удобным для школы и взрослых. Все меняется после нападения, в котором раскрывается тайна его происхождения. В жилах Сики течет кровь Они, а люди с кровью Момотаро веками ведут против них скрытую войну, прикрываясь ролью защитников человеческого мира.
Мари живёт в мире, где люди и звери существуют рядом, но равное соседство не означает настоящего доверия. Предвзятость остаётся частью школьной повседневности, иногда тихой, иногда открытой, и поэтому встреча с новым одноклассником-зверем сразу выбивает её из привычного равновесия. Мари неловкая, немного неуклюжая и не готова к чувствам, которые появляются там, где сначала был страх.
«Блейм!» переносит действие в далекое будущее, где город давно перестал быть управляемым пространством и превратился в бесконечно разрастающуюся механическую среду. После инфекции люди утратили связь с сетевой сферой, а роботы-строители и стражи вышли из-под контроля. Первые продолжают бесцельно перестраивать город, расширяя его как чужой организм, вторые объявляют людей нарушителями и...