«Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» показывает Леонардо, Рафаэля, Донателло и Микеланджело не только как бойцов, но и как подростков, которым надоело всю жизнь прятаться под Нью-Йорком. Братья выросли в канализациях, тренировались в ниндзюцу и привыкли держаться вдали от людей, но мечтают о нормальной жизни: школе, друзьях, признании и возможности не быть для города страшной легендой.
При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи...
Группа агентов ФБР, базирующаяся на Гавайях под видом секс-радиостудии, через спутник получает сведения о переброске в Техасе террористами партии оружия и взрывчатки. Секс-диктор Айва зашифрованным секс-текстом сообщает об этом свои техасским коллегам «Тигрице» и «Стражу». «Тигрица» и «Страж» преследуют террористов и уничтожают их.
Бывший агент ЦРУ, по кличке Воин возглавляет преступный синдикат, занимающийся контрабандой алмазов, порнобизнесом и работорговлей. Внедриться в ряды армии Воина и остановить его по силам только обворожительным агенткам из спецподразделения правительства.
Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.