Скайлайн 3 разворачивается спустя годы после инопланетного вторжения, когда победа уже не выглядит окончательным решением. Люди и дружественные гибриды пытаются удержать хрупкое сосуществование, но новый вирус ставит под угрозу всё, что удалось построить после войны. Роуз Корли, родившаяся на космическом корабле и обладающая необычной силой, сама не полностью контролирует собственные способности.
Самый плохой день в жизни детектива Марка Корли начался с внесения залога за собственного сына Трента и продолжился ужасающим зрелищем нашествия инопланетных кораблей, забирающих тысячи людей прямо с улиц городов, подземок и окон небоскребов. Пытаясь найти похищенного сына, Марк проникает на корабль пришельцев, где встречает Элейн и изувеченного инопланетянами Джерода.