«Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» показывает Леонардо, Рафаэля, Донателло и Микеланджело не только как бойцов, но и как подростков, которым надоело всю жизнь прятаться под Нью-Йорком. Братья выросли в канализациях, тренировались в ниндзюцу и привыкли держаться вдали от людей, но мечтают о нормальной жизни: школе, друзьях, признании и возможности не быть для города страшной легендой.
Однажды любовь медведей к фудтракам и вирусным видео выходит из-под контроля, и это привлекает внимание агента Траута из Национального управления дикой природы, который обещает восстановить порядок, разделив друзей навсегда. Изгнанный из дома Гриз решает, что есть только один способ найти убежище — переехать в Канаду!
Три брата-медведя Гризли, Панда и Белый отчаянно пытаются влиться в общество людей, однако покупая еду, борясь за интернет-славу или заводя друзей, им не всегда удаётся соответствовать людской природе. Но братья всегда готовы прийти друг другу на выручку.