Аниме «Манускрипт ниндзя» разворачивается в провинции Ямасиро, где внезапная эпидемия чумы заставляет жителей бежать и вызывает тревогу у соседних кланов. Для разведки в зараженные земли отправляют остатки клана ниндзя Кога, но миссия оборачивается катастрофой: на них нападают существа с нечеловеческой силой.
