Киото, 1864 год. Кэнсин Химура, тогда известный как непобедимый киллер Баттосай, вместе с единомышленниками сражается против сторонников сёгуната и убивает направо и налево. В очередной раз устроив кровавые фонтаны, он сталкивается с девушкой Томоэ и, поскольку та от увиденного теряет сознание, забирает её в свой гостевой дом.
Убив двух человек из банды, Невеста лишь наполовину приблизилась к цели. Теперь на очереди Бад и Элли Драйвер. Еще два опасных шага перед последней схваткой, в которой она должна убить Билла.
«Убить Билла» начинает историю с предательства, которое уничтожает прежнюю жизнь героини одним ударом. Наёмная убийца по прозвищу Чёрная Мамба получает пулю во время собственной свадьбы и проводит четыре года в коме. Когда она приходит в себя, мир уже ушёл вперёд, но память о нападении остаётся предельно ясной.