«Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» показывает Леонардо, Рафаэля, Донателло и Микеланджело не только как бойцов, но и как подростков, которым надоело всю жизнь прятаться под Нью-Йорком. Братья выросли в канализациях, тренировались в ниндзюцу и привыкли держаться вдали от людей, но мечтают о нормальной жизни: школе, друзьях, признании и возможности не быть для города страшной легендой.
Девушка-подросток Кэти Митчелл всегда считала, что родители не понимают её увлечений — делать странные фильмы про всё вокруг, в том числе про мопса-полицейского с семейным питомцем в главной роли. Поэтому когда она поступила в киношколу на другом конце страны, счастью не было предела. Кэти не могла дождаться, когда же она наконец сядет в самолёт и полетит к понимающим её людям, но глава...