Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.
Матрица начинается с жизни, которая кажется серой и управляемой до мелочей. Днём Томас Андерсон работает в офисе, подчиняется начальству и выглядит человеком без особого влияния на собственную судьбу. Ночью он становится Нео, хакером, который чувствует: за привычным порядком скрывается что-то большее.