История жизни и смерти апостола Павла, который прошёл путь от беспощадного гонителя христиан до одного из основателей христианской церкви. Его последнее миссионерское путешествие заканчивается в тюрьме, куда он был заточён по приказу римского императора Нерона.
Агора переносит действие в Александрию на переломе эпох, когда старый порядок Римской империи уже теряет устойчивость, а христианство становится всё более влиятельной общественной и политической силой. В этом напряжённом городе живёт Гипатия — философ, математик и астроном, чьи занятия наукой и преподаванием дают ей редкое влияние на умы правителей и учеников.