1942 год. Чудом выбравшись из оккупированного нацистами Кракова, 12-летний Ромек находит убежище у своих дальних родственников. В тихой деревушке никто не будет искать сына добропорядочных евреев, решившихся на разлуку ради его спасения. Но и здесь, среди католиков, Ромек вынужден скрывать свои корни.
«Пан Клякса в космосе» начинает фантастическое приключение с рождественского подарка детям из детдома в Малишеве. Новый компьютер, присланный бывшим воспитанником, открывает перед ними историю, которая может случиться через двадцать пять лет. Для семейного фильма это сразу задаёт сказочный мост между настоящим и будущим: технология становится не сухой машиной, а рассказчиком, способным увести...