События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
Аниме «Манускрипт ниндзя» разворачивается в провинции Ямасиро, где внезапная эпидемия чумы заставляет жителей бежать и вызывает тревогу у соседних кланов. Для разведки в зараженные земли отправляют остатки клана ниндзя Кога, но миссия оборачивается катастрофой: на них нападают существа с нечеловеческой силой.