«Обитель зла: Мутация» строит фантастический триллер вокруг Элли, девушки, которую десять лет назад удочерила пара богатых биотехнологических предпринимателей. Снаружи ее жизнь может казаться привилегированной: дизайнерский особняк в Малибу, обеспеченные родители и все условия для безопасности. Но накануне 16-летия Элли чувствует не радость, а одиночество.
Саймон Макнэлли выходит из психиатрической больницы, в которой находился последние 10 лет. Парень тщетно пытается найти работу и начать жизнь с чистого листа, но страдает от постоянных приступов и галлюцинаций и принимает лекарства. Однажды Саймон становится свидетелем похищения девушки, но в полиции ему не верят, а из-за приступа он не может описать внешность похитителя.