Несгибаемый коп Хосе Фернандес получает задание экстрадировать в Кабул обычного человека по имени Аким, которого по ошибке приняли за террориста. Аким никогда прежде не был ни в каком Кабуле, но для Хосе это не имеет никакого значения. Задание должно быть выполнено. Однако вынужденная посадка в Мальте внезапно меняет все карты.
Агора переносит действие в Александрию на переломе эпох, когда старый порядок Римской империи уже теряет устойчивость, а христианство становится всё более влиятельной общественной и политической силой. В этом напряжённом городе живёт Гипатия — философ, математик и астроном, чьи занятия наукой и преподаванием дают ей редкое влияние на умы правителей и учеников.