Разразилась новая катастрофа, и Супермен опять устремляется в бой. На этот раз помочь ему решила команда супергероев, называющих себя «Элита». Вооруженный отряд из четырех могучих существ возглавляет дерзкий и расчетливый Манчестер Блэк. Однако у новоявленных любимцев публики довольно жестокие методы борьбы со злом, так что на фоне «Элиты» Супермен выглядит одиноким и морально устаревшим.
Аниме «009: Возвращение киборга» переносит историю в 2013 год, когда сразу несколько крупнейших городов мира переживают разрушительные атаки. Лондон, Москва, Берлин и Нью-Йорк оказываются охвачены паникой после взрывов и падения небоскребов, а привычные механизмы безопасности не дают быстрого ответа, кто стоит за происходящим.
После того, как Бэтмен уничтожил криптонитовый астероид, а Супермен добился импичмента президента Лютора (события, происходившие в фильме «Супермен / Бэтмен - Враги Общества»), вроде всё должно бы закончиться, но.... Один из осколков криптонитового астероида падает в Готэмский Залив. Бэтмен, исследуя обломки, обнаруживает, что его катер пытаются угнать.