«Исчезновение Йозефа Менгеле» обращается к послевоенной главе биографии человека, чье имя связано с медицинскими преступлениями в Освенциме. После краха нацистской Германии Менгеле скрывается и уходит в Южную Америку, пытаясь раствориться в новых странах, документах и чужой помощи. Фильм смотрит не на войну как на завершенное прошлое, а на ее продолжение в бегстве тех, кто пытался избежать...
Жизнь владельца убыточного видеопроката Михаэля Хартунга меняется, когда амбициозный журналист предъявляет ему результаты расследования: много лет назад, работая на железной дороге, Рейхсбане, Михаэль якобы организовал самый крупный массовый побег из ГДР. Соблазнённый щедрым гонораром, Михаэль подтверждает историю, хотя правда в ней лишь частична.