«Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» показывает Леонардо, Рафаэля, Донателло и Микеланджело не только как бойцов, но и как подростков, которым надоело всю жизнь прятаться под Нью-Йорком. Братья выросли в канализациях, тренировались в ниндзюцу и привыкли держаться вдали от людей, но мечтают о нормальной жизни: школе, друзьях, признании и возможности не быть для города страшной легендой.
Харли Квинн рассталась с Джокером и через некоторое время сообщила об этом всему Готэму, взорвав тот самый химзавод. Девушка больше не тоскует по несостоявшимся отношениям — ей некогда, так как она также потеряла неприкосновенность, и теперь за ней охотятся разной степени криминализованности граждане, желающие отомстить.
Джош Футтурман застрял на бесперспективной работе в должности уборщика, но большую часть своего времени он посвящает игре Biotic Wars, в которой ещё никто не побеждал. Когда Джош проходит игру до конца, ему наносят визит персонажи Biotic Wars, утверждающие, что они из будущего, в котором мир находится в опасности, и только Джош может его спасти.