Агора переносит действие в Александрию на переломе эпох, когда старый порядок Римской империи уже теряет устойчивость, а христианство становится всё более влиятельной общественной и политической силой. В этом напряжённом городе живёт Гипатия — философ, математик и астроном, чьи занятия наукой и преподаванием дают ей редкое влияние на умы правителей и учеников.
Специальный агент ЦРУ под кодовым именем Чёрный орёл приезжает на Мальту, чтобы помешать КГБ выкрасть новое экспериментальное лазерное устройство слежения.