В начале 1980-х между боссами сицилийской мафии разгорается война за героиновый рынок. Один из мафиози, Томмазо Бушетта, пытается скрыться в Бразилии. В то время как на его родине начинается бойня, Бушетта вынужден издалека наблюдать, как его сыновей и братьев убивают в Палермо. Он понимает, что может стать следующим. Бразильская полиция арестовывает Бушетту и экстрадирует его в Италию.
«Элитный отряд: Враг внутри» сдвигает фокус с уличной войны на систему, которая умеет переживать любые зачистки. Насименту уже не просто командир BOPE, действующий в фавелах с оружием в руках. После тюремного кризиса и политического скандала он оказывается в Секретариате безопасности, где получает доступ к прослушке, аналитике и решениям более высокого уровня.
Рио-де-Жанейро 1997 года в «Элитном отряде» показан как город, где официальная подготовка к визиту Папы сталкивается с реальностью фавел, наркоторговли и полицейской коррупции. Капитан Насименту служит в BOPE, спецподразделении военной полиции, которое отправляют туда, где обычные методы уже не работают или давно потеряли доверие.