«Агент-9. Миссия: уничтожить» сразу работает в логике крупного шпионского боевика: есть секретный агент, команда особого назначения и противник, чьи планы выходят далеко за рамки обычного криминального бизнеса. Международная организация Росса действует как структура с деньгами, влиянием и доступом к новейшим военным разработкам.
У Алехандро де ла Вега растёт сын Хоакин. Алехандро обещает жене Элене расстаться с маской Зорро и вечными приключениями и зажить спокойной жизнью. Но сдержать слово не удаётся, поскольку зреет новый заговор, бороться с которым может лишь всесильный Зорро.